La instalación del Instituto Bibliográfico Mexicano, el 29 de mayo de 1899, constituyó uno de los acontecimientos más importantes del siglo en materia bibliográfica. El establecimiento del instituto tuvo como antecedente remoto el interés de Joseph Henry, secretario del Smithsonian Institution, en Washington, D. C., por la redacción de un catálogo de memorias filosóficas que encargaría a la British Association en el año de 1885. Tres años más tarde esta asociación tomó la responsabilidad de esa publicación añadiendo los temas relacionados con las ciencias naturales. Fue hasta 1867 cuando el público inglés conoció el trabajo citado, que había permanecido manuscrito para uso privado de la Sociedad Londinense de Ciencias con el título de Catalogue of Scientific Papers, 1800-1863 en seis volúmenes. Preocupados porque este trabajo resultó incompleto para los propósitos perseguidos por la Sociedad Real, ésta demandó el concurso oficial de todas las naciones civilizadas y convocó a una Junta Internacional de Bibliografía Científica, que había de realizarse por primera vez en Londres, en julio de 1896; la segunda tuvo lugar en octubre de 1898.

El presidente de la república, general Porfirio Díaz, recibió una invitación para que México participara en tal acontecimiento; al responder afirmativamente, nombró como delegado oficial a Francisco del Paso y Troncoso, quien se encontraba en España realizando una investigación documental.

Una vez que Del Paso y Troncoso tomó parte en dicha reunión, rindió un informe amplio de su representación ante la Royal Society y en él pormenorizaba los compromisos que había contraído a nombre del gobierno de México.

De inmediato el gobierno mexicano puso en marcha una serie de mecanismos con el fin de cumplir con el compromiso contraído. El primer paso que se dio fue el de proceder al establecimiento de una Junta Nacional de Literatura Científica, el 19 de noviembre de 1898, a la que se invitó a las cuatro corporaciones más importantes de la capital, para que colaboraran en la redacción de un catálogo. Estas agrupaciones fueron: la Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales correspondiente de la Real de Madrid, para hacerse cargo del grupo especializado en matemáticas, astronomía, meteorología, física, cristalografía y química; la Sociedad de Historia Natural que aceptó colaborar en mineralogía, geología, petrología, paleontología, zoología y botánica; la Academia Nacional de Medicina que se comprometió a contribuir en lo tocante a anatomía, fisiología, farmacología, patología general y experimental, psicología experimental, antropología y bacteriología; y la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística.

El 5 de diciembre de 1898 el secretario de Instrucción Pública, licenciado Joaquín Baranda, instaló la Junta Nacional de Bibliografía Científica en el edificio de la ex iglesia de San Agustín, sede de la Biblioteca Nacional, acontecimiento que se repitió en cada estado de la república debido al apoyo que ofreció el gobierno estatal para la instalación de la junta local en cada entidad.

Este acontecimiento significó, a la luz de la técnica bibliográfica, la organización del primer equipo de bibliógrafos mexicanos que trabajaron, con método, en forma unificada, a favor de una biblioteca nacional científica.

Una vez terminadas las tareas de la Junta Nacional, se requirió de la creación de un centro que completara y perfeccionara la obra apenas comenzada. Así fue como se llevó a cabo la inauguración del Instituto Bibliográfico Mexicano, siendo sus miembros fundadores Agustín Aragón, Joaquín Baranda, Ángel M. Domínguez, Jesús Galindo y Villa, Luis González Obregón, Porfirio Parra, Francisco del Paso y Troncoso, Jesús Sánchez, José María Vigil y Eugenio Zubieta, quien actuó como secretario. Las juntas locales de los estados fueron centros correspondientes de la central. Manuel de Olaguíbel y Enrique Iglesias representaron al Estado de México; Gustavo Martínez Alomía, a Campeche. El instituto fue una corporación anexa a la Biblioteca Nacional, y tuvo por meta formar y publicar la bibliografía nacional. El licenciado José María Vigil, director de la Biblioteca Nacional en ese tiempo, fue el autor de las bases del reglamento que rigió al instituto.

Como órgano de esta institución, se tuvo un Boletín donde se dieron a conocer importantes trabajos bibliográficos e históricos de sus miembros, entre los cuales figuran la Bibliografía mexicana del siglo xviii de Nicolás León (trabajo emprendido de manera individual con anterioridad), así como estudios de Jesús Galindo y Villa sobre Joaquín García Icazbalceta, del español Marco Jiménez de la Espada sobre la imprenta en México y del chileno José Toribio Medina sobre La imprenta en Guadalajara, Mérida, Oaxaca y Veracruz.