Nació en Mérida, Yucatán, el 7 de mayo de 1840, de familia campechana. En Campeche hizo sus estudios y se graduó como abogado en 1862. Por su participación en movimientos políticos locales fue desterrado a Tamaulipas donde desempeñó cargos judiciales y políticos. Durante la intervención francesa estuvo preso en Sisal y en Mérida y cuando recobró la libertad se radicó en Campeche en cuyo Instituto Campechano dio la cátedra de literatura. Publicó entonces su Discurso sobre la poesía mexicana (Campeche, 1866), pronunciado en la clausura solemne de las cátedras del Instituto. Al triunfo de la República en 1867 se le nombró juez de Primera Instancia, cargo al que renunció para venir a la Ciudad de México como diputado por Campeche e iniciar así una larga carrera política. Reelecto diputado por Campeche y al mismo tiempo por Tlalpan, hacia 1872 fue electo gobernador de Campeche y, en 1875, reelecto para el periodo siguiente. No concluyó su segundo mandato como gobernador por haberse opuesto al Plan de Tuxtepec y renunció a principios de 1877 para dedicarse a su profesión de abogado. Sin embargo, pocos años después reanudaría su carrera. En 1881 fue nombrado magistrado de Circuito, con residencia en Mérida, y ese mismo año renunció el cargo pues fue electo senador por el Distrito Federal. En septiembre de 1882 el presidente Manuel González lo designó secretario de Justicia e Instrucción Pública, cargo que desempeñaría por más de una década. En 1894 el licenciado Baranda fue electo miembro de número de la Academia Mexicana para ocupar la silla xiii. La Academia le debe el haberle dado alojamiento, por aquellos años, en la Biblioteca Nacional cuya reorganización realizaba su director José María Vigil.

Poco antes de 1892, el ministro Baranda devolvió al Museo Nacional un códice mítico-histórico, de principios del siglo xvii y proveniente de la cultura mixteca, que estaba en la Biblioteca Nacional, y al que se llamó desde entonces Códice Baranda. Lo publicó por primera vez la Junta Colombina, en 1892, en el volumen Antigüedades mexicanas, con un estudio de Alfredo Chavero. Posteriormente (1958), Alfonso Caso lo reprodujo y explicó. 

Joaquín Baranda murió en la Ciudad de México el 21 de mayo de 1909.

La obra escrita de Joaquín Baranda es la de un político y edu­cador distinguido. Sus discursos más notables, pronunciados en cere­monias cívicas y culturales, fueron publicados en dos colecciones: Algunos discursos patrióticos^[1] y Discursos. Artículos literarios^[2] que contienen, entre otros, el estudio biográfico que escribió a fines de 1894 acerca de Joaquín García Icazbalceta, a raíz de la muerte del insigne director de la Academia Mexicana (estudio que se publicó inicialmente en las Memorias de la Academia Mexicana)^[3] y el estudio sobre "La cuestión de Belice". Siendo gobernador de Campeche, en 1873, Baranda formuló, a solicitud del ministro de Relaciones Exteriores, este informe (publicado originalmente en Cam­peche, 1875) en el que con apoyo documental prueba los derechos históricos de México sobre el territorio ocupado por los ingleses. En fin, hacia 1907 se publicaron en dos volúmenes sus Recordaciones históricas.^[4]