José Porrúa Estrada, con sus hermanos Indalecio y Francisco, fundó esta librería en 1900. Cuatro años después, empezaron a publicar Boletines bibliográficos y, en 1908, un catálogo de impresiones antiguas mexicanas. A esta publicación seguirían otras del mismo género, las cuales fijaron por mucho tiempo los precios de las ediciones mexicanas con valor tipográfico o histórico.
En 1910, la librería se establece en la esquina de las calles Justo Sierra y República de Argentina, entonces calles del Rélox y Donceles. En ese mismo año se inician los trabajos editoriales de los hermanos Porrúa. Tres años después aparecen los primeros títulos de la colección “Obras de América”. En 1914 se publica el libro Las cien mejores poesías líricas mexicanas, cuya edición fue preparada por Antonio Castro Leal, Manuel Toussaint y Alberto Vázquez del Mercado. Allí aparecen obras de autores como Antonio Caso, Enrique González Martínez y Efrén Rebolledo (tres ateneístas). En 1916, Genaro Estrada edita la antología Los poetas nuevos de México.
La empresa cambió su razón social por Porrúa Hermanos y Compañía cuando se retiró José Porrúa en 1933. En 1944 quedó constituida formalmente la Editorial Porrúa S. A. y también se inicia, con el libro Poesía, teatro y prosa, de Sor Juana Inés de la Cruz, la “Colección de Escritores Mexicanos”, que ha alcanzado más de noventa títulos.
La colección más popular de Editorial Porrúa es “Sepan Cuántos…”. Esta serie se inició, aún sin denominación propia, el 2 de julio de 1959, con El periquillo Sarniento, de Fernández de Lizardi. El título “Sepan Cuántos…” aparece desde marzo de 1960, al publicarse La Odisea, de Homero. El nombre fue sugerido por Alfonso Reyes, pues la última vez que éste tuvo contacto con Porrúa, le preguntó el título de la colección donde iba a aparecer la Ilíada, que acababa de prologar para ellos. Porrúa le contestó que en la misma colección –aún sin bautizar– donde había aparecido El periquillo Sarniento. Don Alfonso lanzó un nombre: “Sepan Cuántos…”. Porrúa reconoció la originalidad por lo que tenía de “principio de pregón”. La colección ha alcanzado más de 590 títulos representativos de la literatura, la historia y la filosofía universales.
Otra colección es “Biblioteca Porrúa”, que se inició a principios de los años setenta, con la publicación la Historia de la literatura náhuatl, de Ángel M. Garibay K., en cinco volúmenes. La colección ha editado sobre todo textos de carácter histórico.
A principios de los años noventa la editorial lanzó su colección de Literatura para niños “Biblioteca Juvenil Porrúa”. Se trata de adaptaciones de obras clásicas de la literatura universal.