Isidro Rafael Gondra nació en Ciudad de México y fue estudiante en la Real y Pontifica Universidad y en el Seminario Conciliar de México, donde recibió las primeras órdenes. Sin embargo, no continuó con la carrera eclesiástica, pues se incorporó a las filas insurgentes. En Gondra existía, sin duda, una dicotomía entre su vocación religiosa y su tendencia liberal. Cuando la República fue instaurada, ocupó una curul por un período (1825-1826) por el Distrito Federal y fue también director del Museo Nacional. Ya era un hombre de edad madura cuando regresó al Seminario y llegó a recibir el presbiterato. Según Prieto, Gondra hizo esfuerzos después para desligarse de sus votos, por lo que fue perseguido, acusado de apóstata y exhibidos en publicaciones los secretos de su vida íntima, hasta tal grado que recurrió a la masonería como forma de escudarse contra las persecuciones.
Gondra fue el editor de todos aquellos “muchachos de Letrán”. En efecto, en la publicación del tomo II de El Mosaico Mexicano de 1837, en la “Advertencia preliminar”, los editores, entre los que desde luego se hallaba Gondra (que fue editor fundador de El Mosaico en 1836), en su afán de mexicanizar ese publicación, invitan a los colaboradores de El Año Nuevo de 1837 recién aparecido, y de ese modo José Joaquín Pesado, Guillermo Prieto, los Lacunza, Wenceslao Alpuche, Manuel Tossiat Ferrer, en fin, “los muchachos de Letrán”, amplían su campo de actividad literaria gracias a la generosidad de Gondra, que también participó frecuentemente con artículos, traducciones y ensayos de arqueología y etnografía, materias de las que era un experto, hasta el grado de ser miembro de la Junta de Antigüedades cuando se organizó el Museo de Arqueología, Historia y Etnografía.
Gondra, nos indica Eduardo Enrique Ríos, “escribió en todos los periódicos literarios metropolitanos. Así, edita el Semanario de las Señoritas Mexicanas y colabora en El Recreo de las Familias” con la misma línea editorial de El Mosaico: mexicanizar las publicaciones literarias.
En todas estas revistas, Gondra escribe, traduce, apoya el cuerpo de redactores emanado de la Academia de Letrán. En 1837, cuando publicó El Mosaico, ya era un hombre de cincuenta años, que se apoyó sin embargo en un grupo de noveles literatos dispuestos a dar carácter nacionalista a sus prosas y poemas.
La labor de Gondra en el campo de la arqueología es también notable. Junto con el presbítero Isidro Ignacio de Icaza, publicó la “Colección de antigüedades que existen en el Museo Nacional”. Las estampas de esculturas monolíticas y de barro, así como los jeroglíficos y pinturas históricas de esta obra, tienen el mérito de ser los primeros ensayos de arte litográfico en México.
Isidro Rafael Gondra falleció en Ciudad de México en 1861. Su obra literaria se encuentra dispersa en numerosas revistas y periódicos de la época, entre ellos: El Mosaico Mexicano (1836), El Año Nuevo (1838), El Recreo de las Familias (1838) y El Semanario de las Señoritas Mexicanas (1841).