Realizó sus primeros estudios en México y en los Estados Unidos. Estudió Arquitectura en la Universidad Nacional Autónoma de México (unam). Se especializó en Dirección y Producción Teatral (1960) en The Kalita Humphrays School; Diseño y Tecnología Teatral en la Universidad de Yale (1960-1961), Escenografía en The Schoolosspark Teatre (1961), Pintura en el Kunstzentrum Martiner Hof (1970) y Fotografía con Ruth W. Ward (1977). Ha trabajado en teatro como autor, actor, director, escenógrafo, guionista, traductor y maestro. Dirigió más de cincuenta obras, ha actuado y montado la escenografía en algunas de ellas y adaptado o escrito algunas otras. Tradujo al español obras de Ford, H. Pinter, Dylan Thomas, Edward Albee y E. E. Cummings, y al inglés piezas de Elena Garro y García Lorca, entre otros. Como director y maestro de teatro formó los grupos de la Escuela de Arquitectura (1963) y el Teatro Estudio G (Gurrola, en 1983) y fue maestro de Actuación. Realizó algunos proyectos arquitectónicos como el de la Universidad de Yale (1961) y el de la Casa del Lago (1963-1964). En el cine, actuó desde 1971 y adaptó y dirigió algunos cortometrajes desde principios de los sesentas. Participó y ganó el primer Concurso de Cine Amateur con el corto La confesión de Stavroguin, basada en la adaptación de Juan García Ponce a Los poseídos, de Dostoievsky; participó también en el Primer Concurso de cine experimental con el cortometraje Tajimara, basado en el cuento de García Ponce, adaptado por los dos, que forma parte de la película Amor, amor, amor. Participó en la promoción y difusión de la cultura como director de los Departamentos de Radio y Televisión (1962-1965) y de Teatro (1978) y como director de Difusión Cultural (1978) de la unam, y de la sección de teatro del Museo Tamayo (1983). Produjo programas para radio y televisión, y colaboró con artículos de teatro en algunas publicaciones periódicas, como el Suplemento "Sábado de Unomásuno, "El Ángel" y el diario Milenio. Complementan sus actividades artísticas, la música y la pintura. En esta última participó en happenings, arte conceptual y ambientaciones. Durante julio de 2012 se llevó a cabo la exposición La Mazeta. Primera Muestra de Obra ANTI-KINÉTICA de Juan José Gurrola en House of Gaga, en donde se exhibieron 30 dibujos de su Libro Morado (obra de pintura), y algunos de sus archivos de investigación.

El teatro de Juan José Gurrola se caracteriza por el rompimiento de los esquemas teórico-narrativos de la dramaturgia. Es un teatro del absurdo, de la perversión, del conflicto y del erotismo desbordado. Los textos, base de sus obras, son un mero pretexto para rebasar la realidad. En sus piezas no hay historias ni personajes que sigan un perfil maniqueo ni tradicional; son libres, creativas, que nacen y responden a la conflictiva psicológica y social que las rodea dentro de un orden narrativo que casi siempre conduce a lo inesperado.