Estudió Psicología en la Universidad Nacional Autónoma de México (unam) y Cine en el Instituto Cinematográfico de Lodz, en Polonia, donde fue discípulo de Andre Wadja, condiscípulo Roman Polanski y Sergio Olhovich y filmó tres cortometrajes. Volvió a México a fines de 1968. Fue militante del Partido Comunista Mexicano y del Sindicato de Trabajadores del mismo partido, así como del Grupo Miguel Hernández. Colaboró en las revistas Nuevo Cine, Revista de Literatura Mexicana, Universidad de México, Cuadernos del Viento, y en varios suplementos, en los que publicó sus primeros cuentos. Integrante del llamado grupo Nuevo Cine, escribió y dirigió un cortometraje y cinco cintas cinematográficas; una de ellas, La otra virginidad (1974), obtuvo el Ariel a la mejor película, en 1975. Dejó tres guiones de cine sin filmar: "Día de sol", "Las lágrimas de la mujer cocodrilo" y "El largo y hermoso reinado de Ana Primera", así como una novela inconclusa: "Mi adorada Emy".

Juan Manuel Torres Sáenz, además de cineasta, publicó cuento y novela. Como narrador sus obsesiones temáticas fueron la identidad propia y su vecindad con el otro, el viaje como metáfora, la mujer como un ser dual, a la vez cercano y lejano; la coexistencia de la realidad y el sueño, del delirio y la locura; la idea de la inutilidad de la escritura a la que concibe como un acto de desnudez imposible; la intertextualidad mitológica y la inclusión autobiográfica del autor como personaje. Los cuentos de El viaje incluyen unos de carácter anecdótico y nostálgico, que permiten reconocer la estancia del autor en varios paisajes del país polaco; y otro, más extenso, el que da título al libro, en el que se advierten los caminos que recorrerá el autor en su obra posterior, "El viaje", representa paradójicamente la imposibilidad de éste, concebido más bien como experiencia caótica y onírica, y retrata más explícitamente el aspecto político y crítico del escritor. Su novela, Didascalias, recrea otro viaje, esta vez de carácter mítico y recurrente de las figuras de Hamlet, Ulises (incluso el de Joyce), el Quijote, y de algunas figuras de los Evangelios, así como los ámbitos que éstos representan. El protagonista, que puede ser otros a la vez (hasta el mismo autor), es un ser en la orfandad, habitante de los varios espacios simbólicos de esos otros, concebidos en tres versiones de los infiernos: el amor, la guerra y la locura. Escrita a manera de diario, esta novela quiere ser una serie de instrucciones y(o) enseñanzas para que el lector conforme su propia obra.