La Librería Bonilla fue inaugurada en 1950 por su propietario, Manuel Bonilla Baggetta, y se ubicaba en la calle de Bolívar, en el centro de la ciudad de México. Al inicio se dedicaba a atender las necesidades bibliográficas de ingenieros y técnicos. Con el tiempo llegó a especializarse en libros técnicos y científicos, tanto nacionales como extranjeros; esto hizo que su propietario abriera cuatro sucursales más, ubicadas en distintos puntos de la ciudad (las dos más importantes fueron la de la colonia Roma, destruida por el temblor de 1985, y la cercana a Ciudad Universitaria), que más tarde –por cuestiones económicas– se reducirían a dos, ambas a cargo del señor Bonilla y de su esposa, la señora Rius.

En 1989, con la muerte de Manuel Bonilla, Juan Luis Bonilla –que había trabajado con su padre desde 1987– se asoció con Laura Rodríguez de Serafín y ambos le dieron a la librería un nuevo enfoque: conserva la especialización en libros sobre ciencia o computación, pero centra su atención en bibliografía sobre arte y literatura.

La librería cuenta con un foro abierto en el que se realizan conciertos y presentaciones de libros; también tiene una galería en la que se llevan a cabo exposiciones de artes plásticas; cuenta asimismo con un taller de grabado en metal y una papelería. La librería se ubica en la calle de Francia 17, en la ciudad de México.