Estudió Leyes en la Escuela Libre de Derecho, donde imparte clases desde 1986. En 1988 fue designado Prosecretario de la misma institución. Fue coordinador en Investigación Histórica en editorial Clío (1988–1998); comentarista en materia histórica en el programa matutino Monitor, desde 1993; responsable de la investigación histórica de la telebiografía El vuelo del Águila, acerca de la vida de Porfirio Díaz; guionista y adaptador de la telenovela histórica La antorcha encendida, sobre la Guerra de la Independencia; editor de la página de divulgación histórica “Cronoscopio: otra mirada a la historia”, del periódico Reforma (2000–2003), y director de la colección Grandes Protagonistas de la Historia de México.

José Manuel Villalpando César, novelista e historiador, propone hipótesis sobre acontecimientos que pudieron cambiar el transcurso de la historia, pero que no han sido estudiados seriamente en México a pesar del gran material que hay para hacerlo. La posibilidad de una independencia en el siglo xviii, el papel del virrey Bernardo Gálvez y su familia para lograrlo, es el eje de El virrey, novela en la que presenta las memorias de la virreina Felícitas de Saint Maxent, quien acusa al rey Carlos iii de asesinar a su familia y de mandarla a envenenar. En la novela Mi gobierno será detestado, el virrey Félix Calleja rememora sus últimos días de vida, su papel en la lucha de independencia y el cambio en la historia si hubiera aceptado ser, en vez de Miguel Hidalgo, el libertador de México. El diario de Clara Eugenia relata la vida de Clara Eugenia Reza y Pliego, joven mexicana del siglo xix, quien es testigo de la llegada de Maximiliano y vive los cambios que en la sociedad mexicana representó este hecho. La ficción (la vida de Clara Eugenia) se mezcla con hechos verídicos para recrear esta página de la historia de México. Villalpando aborda la historia desde una perspectiva diferente, más humana, rescatando los elementos personales en las historias, estudiando más al hombre que al político: en Maximiliano nos presenta más al esposo que al emperador, y cómo su vida personal influyó en la toma de sus decisiones políticas; en Amores mexicanos aborda la vida sentimental de Antonio López de Santa Anna, Porfirio Díaz, Benito Juárez y Miguel Miramón, entre otros personajes, para entender su papel en la historia; Los presidentes de México es una revisión de las conductas y actitudes de los hombres que, desde 1821, han gobernado el país, un estudio de los “tlatoanis” modernos como lo que son: seres mortales, comunes y corrientes. Sus biografías de la colección Grandes Protagonistas de la Historia continúan con esa tendencia: entender las decisiones de estos hombres en la vida política del país. Su papel como historiador y abogado lo ha llevado a estudiar los hechos históricos desde otra perspectiva: Maximiliano frente a sus jueces es un estudio sobre la legalidad del juicio al emperador por el gobierno de Benito Juárez; En pie de guerra, historia militar de la guerra de independencia, estudia el comportamiento de los ejércitos, sus acciones, triunfos y fracasos; La silla vacía es un análisis sobre el vacío legal en la Constitución para suplir al presidente si éste fallece; El panteón de San Fernando relata la construcción de este cementerio y describe, tumba por tumba, la vida de los que ahí fueron enterrados.