Estudió en el Instituto de Cultura Femenina. Se graduó como maestra en Lengua y Literaturas Españolas con la tesis Iniciación a los estudios literarios y la psicología de los adolescentes en la Escuela Normal Superior de la Ciudad de México. Se doctoró en Filosofía y estudió las carreras de Psicología y Pedagogía en la Facultad de Filosofía y Letras (ffyl) de la Universidad Nacional Autónoma de México (unam). Asistió a cursos de Filosofía en la Sorbona y de Historia del Arte en L’Ecole du Louvre. Desde 1947 fue profesora en la Escuela Nacional de Maestros, en la Escuela Normal Superior (desde 1949) y en el Claustro de Sor Juana, entre otras instituciones. En 1973 se jubiló como profesora pero continuó trabajando en favor de los ancianos en el dive (Dignificación de la Vejez), en el Instituto Nacional de la Senectud (insen) y con charlas diarias en programas radiofónicos de xew. Colaboró en revistas culturales como Ábside (1940–1977), El Libro y el Pueblo (1963), Cuadernos de Bellas Artes (1964), y en otras como Kena y Casa.

La obra de Emma Godoy Lobato se caracteriza por la profunda religiosidad que manifiesta a través de la biografía, el cuento, la novela, la poesía, la crítica de arte y el ensayo filosófico, en el que aborda principalmente cuestiones éticas. Mediante referencias bíblicas, erotismo, soledad y angustia, expresa en sus poemas las distintas relaciones de Dios con el hombre y el universo. El drama alegórico, Caín, el hombre presenta el fin de la cultura, máxima creación humana para sustituir a Dios. En la novela, Érase un hombre pentafácico, recrea el tema de la libertad a través del diálogo de la existencia con cinco esencias o posibilidades de ser de un hombre que decide suicidarse, hastiado de tener que elegir; los tres epílogos dejan al lector la última decisión. Con excepción de “El que encontró la Tebaida” y “El otro”, los relatos de La mera verdad o ¿puros cuentos? tratan con humor situaciones, que van de lo absurdo a lo trágico, como en el caso del héroe de Nacozari. Sombras de magia recopila ensayos sobre poesía, teoría estética y pintura, entre los que sobresalen la exégesis de Muerte sin fin, de José Gorostiza, y la interpretación de los murales del Hospicio Cabañas, de José Clemente Orozco. Escribió, además, las biografías de Gabriela Mistral y de Mahatma Gandhi.