Estudió Economía Política y Filosofía en la Universidad de Vincennes de París, donde fue secretario del Centro de Información de América Latina (1976–1979). Ha sido corresponsal de El Periódico de México en Centroamérica (1981) y colaborador con ensayos, relatos, crónicas y reseñas en Excelsior (1980–1983), en “Sábado” y en Unomásuno, desde 1984, diario del que fue redactor en la subdirección editorial (1987). Ha sido corresponsal extranjero y director adjunto de la oficina en México de la Agence France–Presse (1988–1998) y en la sede central de la afp en París. Tomó un curso intensivo en el Centro de Capacitación Cinematográfica (ccc) (1980–1981); fue investigador de la Filmoteca de la Universidad Nacional (1983–1984), donde realizó el libro García Márquez: la tentación cinematográfica. Ha viajado a la India, Estados Unidos, Marruecos, Alemania, Italia, Bélgica, España, Portugal, Venezuela, Ecuador, entre otros países. Es autor de Manuscrito hallado en el nochero de Seymour Menton. Ha escrito crónicas y colaborado en la Sección Comunidad con su columna “Café París” del diario Excelsior.

La obra de Eduardo García Aguilar se caracteriza por un manejo alegórico y trágico del lenguaje y la anécdota; tanto en la narración breve como en el cuento, la novela y la poesía. Las constantes de su obra son lo mítico, la obsesión por la muerte, el amor, la ironía, lo marginal y lo decadente; su visión satírica de la realidad plantea la destrucción. En sus ensayos y reseñas se ocupa de la producción literaria de Francia y Colombia.