Realizó sus estudios básicos en Macuspana, Tabasco. En 1908 obtuvo el título de profesor de educación primaria y en 1912 el de abogado en el Instituto Juárez de Tabasco, del que fue director y maestro de Matemáticas y Geografía. En 1919 se trasladó a la ciudad de México donde fue Magistrado del Tribunal Superior de Justicia y Juez Tercero del Ramo Penal. Por sus hábiles interrogatorios se le conoció como "El Juez Lince". De 1923 a 1925 dio clases de Lengua Nacional y Derecho de la Guerra en el Colegio Militar y, en 1933, de Derecho Procesal Penal, en la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Fue partidario de la candidatura presidencial de Francisco Serrano, oponente de Álvaro Obregón. Sobrevivió a los acontecimientos de Huitzilac, Morelos, donde murieron Serrano y varios de sus simpatizantes. Desterrado a los Estados Unidos, de 1927 a 1932, se dedicó a escribir en el Diario de Yucatán, en Nueva York, sobre su propio destierro, bajo el seudónimo "Frai Nox". Colaboró en publicaciones periódicas como Tabasco Gráfico, El Estudiante, Excelsior, El Correo de Tabasco y El Correo Latino, donde utilizó el seudónimo de Calvo I. Flojerina. Inició su carrera política en 1919 como orador y diputado del Congreso Constituyente de Tabasco; fue gobernador de su estado entre 1947 y 1952; desde ese año hasta su muerte radicó en el puerto de Veracruz donde colaboró en El Dictamen de Veracruz y el Diario de Yucatán sobre cuestiones lingüísticas.

Francisco Javier Santamaría, ensayista y cronista, se especializó en estudiar la lengua, el idioma español y la historia de Tabasco. En sus obras reflejó su interés por precisar conceptos, ubicar su origen y valorarlo como parte de la cultura mexicana. Gloxa lexicográfica es el estudio de la lengua clásica y los vocablos omitidos por el Diccionario de la Real Academia Española. El provincialismo tabasqueño, su primer acercamiento al vocabulario popular, lo profundizó en Ensayo crítico del lenguaje, Americanismo y barbarismo, Diccionario General de Americanismos y en el Diccionario de Mejicanismos, obras en las que define palabras, comenta su uso y argumenta su validez con el apoyo de citas y ejemplos cotidianos. Escribir la historia de Tabasco también fue una de las pasiones de Santamaría. Bibliografía General de Tabasco, Documentos históricos, Las ruinas occidentales del viejo imperio maya, así como El verdadero Grijalba son ensayos que pretenden ubicar los orígenes de este estado, aclarar fechas y nombres, así como rectificar errores en algunos hechos históricos. Se interesó también por escribir biografías de personajes ilustres en Semblanzas tabasqueñas; de poetas en La poesía tabasqueña; por reseñar la historia del periodismo en Datos materiales y apuntes para la historia del periodismo en Tabasco, así como sobre la cultura en El movimiento cultural de Tabasco y en Antología folklórica y musical de Tabasco. De mi cosecha reúne las crónicas y los relatos publicados en diferentes revistas y diarios tabasqueños sobre personajes y hechos de la localidad. Crónicas del destierro relata su vida y pensamientos mientras vivió en los Estados Unidos; La tragedia de Cuernavaca narra su participación en la campaña presidencial de Francisco Serrano, su aprehensión y escape de la muerte; Domingos académicos contiene  las nuevas normas de un diccionario y sus artículos publicados en el Diario de Yucatán sobre cuestiones lingüísticas. Memorias, acotaciones y pasatiempos reúne relatos de las diferentes etapas de su vida, desde la infancia, su trabajo como abogado, periodista y gobernador. Sus poemas son la alabanza a la naturaleza de Tabasco.