En diciembre de 1966 se le otorgó la autonomía a esta institución denominándose, a partir de entonces, Universidad Juárez Autónoma de Tabasco.

En julio 1976 se publicó en el Periódico Oficial del estado la modificación a la Ley Orgánica Universitaria, por la cual se organizaron escuelas e institutos. En ese mismo año se creó la carrera de Ingeniería Mecánica Eléctrica y la Licenciatura en Administración. Las preparatorias se separaron de la Universidad y se construyeron, en el kilómetro 25 de la carretera Villahermosa – Teapa, las instalaciones de la escuela de Medicina Veterinaria y Zootecnia, que fue denominada Rancho Escuela. De esta manera se inició el proceso de descentralización universitaria.

En 1978 el Presidente de la República José López Portillo y el Gobernador Ing. Leandro Rovirosa Wade, inauguraron el edificio de la Escuela de Derecho, ubicado en la colonia Reforma. En 1982, dentro del proceso de descentralización universitaria iniciado años atrás, fueron inauguradas, en el municipio de Cunduacán, las instalaciones de la Facultad de Ingeniería por el Presidente de la República José López Portillo y, más adelante, en septiembre, se agregó a la Facultad la carrera de Ingeniería Química.

Tres años después se puso en marcha el proyecto integral de reforma de la Universidad denominado Proyecto de Excelencia y Superación Académica 1985-1988. el proyecto fue el primer Plan Institucional de Desarrollo que diseñó un modelo universitario. De acuerdo al proyecto se estableció un modelo de organización matricial para la Universidad. Surgieron así las Divisiones Académicas que aglutinan todos los programas educativos en áreas del conocimiento.

En 1987 el congreso local expidió el Decreto 662 que contiene la Ley Orgánica de nuestra Universidad. En 1990 el H. Consejo Universitario aprobó cinco nuevas licenciaturas: Arquitectura, Manejo de Recursos Naturales, Idiomas, Psicología, Nutrición y las especialidades en docencia, Administración Pública, Contribuciones Fiscales y Finanzas. El H. Consejo Universitario aprobó en 1991 la creación de la División Académica de Educación y Artes de la Unidad Centro, la cual quedó integrada por las Licenciaturas en Comunicación, Ciencias de la Educación e Idiomas, además de los Talleres Culturales y el Centro de Enseñanza de Idiomas. Ese mismo año se otorgaron por primera vez las Becas al Desempeño Docente a los maestros universitarios más destacados.

En 1996 se introdujo la modalidad de Examen General de Calidad Profesional para titulación. Un año después, a fin de ampliar el servicio educativo y con el apoyo del Licenciado Roberto Madrazo pintado, Gobernador Constitucional del Estado, se llevó a cabo el proyecto de un nuevo campus denominado Extensión Universitaria de los Ríos, el cual fue ubicado en el municipio de Tenosique y donde hoy se imparten las carreras de Licenciado en Informática Administrativa, Ingeniería en Alimentos, Ingeniera en Acuacultura, y la Licenciatura en Derecho con el Sistema Abierto y a Distancia.