Estudió ciencias teatrales en la Universidad de Berlín y dirección teatral con el famoso regisseur Leopold Jessner. Tuvo sus primeros trabajos como actor secundario en el teatro Bülow. Más adelante fue primer galán en el Neuen Schauspielhaus de la ciudad de Leipzig. Llegó a México en 1930 para trabajar en la Casa Wagner Levien, fundada por su abuelo en 1851, y se nacionalizó mexicano. Obtuvo el grado de maestro en Letras por la Universidad Nacional Autónoma de México (unam), en 1955. Fue profesor de lengua alemana en la Escuela Nacional Preparatoria en 1932 y después en la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica del Instituto Politécnico Nacional (ipn) y en la Escuela Superior de Guerra. En 1934 inició su curso de práctica teatral en la Facultad de Filosofía (actual Facultad de Filosofía y Letras) y en Bellas Artes. Un año más tarde montó, con estudiantes, Riders to the Sea, de John Synge, Las preciosas ridículas y Burbury o la importancia de ser formal, de Oscar Wilde, en la lengua original. Más adelante estrenó Peribáñez y el comendador de Ocaña, de Lope de Vega, con motivo de su tricentenario; esta escenificación es considerada como el inicio del teatro universitario.

Con la indemnización recibida por la quiebra de la Casa Wagner en 1939, fundó el grupo Pan American Theatre con Lillian Shoen, actriz y ayudante de dirección, y con actores aficionados de origen inglés, americano y mexicano, entre los que estaban Luz Alba, Pedro Armendáriz, Arturo de Córdova, Isabela Corona, Eduardo Noriega, Clementina Otero, Xavier Rojas y Fernando Torres Lapham, con quienes montó obras de Shaw, Spewack, Reed y O'Neill. Las primeras tres temporadas de la compañía se dieron en inglés, mientras que la última, en español. El grupo sobrevivió hasta 1951, siendo su primer montaje Arms and the Man (Héroes) de George B. Shaw y el último, Nuestra ciudad, de Oscar Wilde.

En 1942 Fernando Wagner fundó un primer grupo de teatro preparatoriano al lado de Enrique Ruelas; estrenó en Bellas Artes Contigo pan y cebolla, de Manuel de Gorostiza, y A ninguna de las tres, de Fernando Calderón. Impartió clases en la Escuela de Arte Teatral del Instituto Nacional de Bellas Artes (inba) (1946). En 1949 el Departamento de Letras de la Facultad de Filosofía y Letras (ffyl) de la unam creó la sección de teatro, en que fueron profesores Rodolfo Usigli, Enrique Ruelas y Fernando Wagner, quien daba la cátedra Técnica Teatral Superior. Se hizo cargo del Departamento de Arte Dramático, de 1959 a 1966. Dirigió la temporada de Teatro Universal iniciada con Judith, de Friedrich Hebbel. En la Escuela de Arte para trabajadores de la Secretaría de Educación Pública (sep) presentó Gil González de Anda, de José Peón Contreras, en 1942. Como director de escena, de teatro experimental y comercial realizó montajes de piezas de autores mexicanos como Emilio Carballido, Xavier Villaurrutia, Wilberto Cantón, Rafael Solana, Luis G. Basurto, entre otros. Promovido por el inba y Luis G. Basurto entre 1961 y 1962 llevó a Argentina tales montajes con la Compañía Teatro de México en América.

Fernando Wagner dirigió, para estrenos o reposiciones, piezas dramáticas de autores mexicanos, entre las que están Los Fernández de Peralvillo de Juan Manuel Durán y Casahonda en 1952; La llorona de Carmen Toscano y Los sueños encendidos de Luis Moreno en 1958; Luna de miel para diez de Felipe Santander en 1959; Secreto a voces de Rosa Margot Ochoa en 1960; Las alas del pez de Fernando Sánchez Mayáns, Las cosas simples de Héctor Mendoza y Nota roja de Wilberto Cantón en 1963; El 9 de Maruxa Vilalta, Miralina de Marcela del Río, y Juegos peligrosos de Xavier Villaurrutia, en 1965; Popol Vuh de Luisa Josefina Hernández en 1967; Yo soy Juárez de Willebaldo López, en 1972, y Los de debajo de Mariano Azuela en 1973. Dirigió obras de Emilio Carballido como Felicidad (1957) y El tianguis en 1967 y de Luis G. Basurto, Toda una dama en 1954, Cada quien su vida en 1955, La locura de los ángeles en 1957, Los reyes del mundo en 1959 y El escándalo de la verdad en 1960. Igualmente dirigió infinidad de obras de autores extranjeros y tradujo algunas de ellas. Dirigió algunas obras de teatro infantil dentro de la temporada organizada por el inba, en 1942. Su trabajo de dirección también estuvo en la ópera nacional en 1943. Colaboró para la televisión mexicana desde 1951 y fue uno de los pioneros del teleteatro y de las telenovelas en México. Dirigió programas como Teatro de los Bonos del Ahorro Nacional (1952 y 1956–1957), Gran teatro (en los años setenta), La novela semanal y México en la cultura (1959–1961), que él escribía y dirigía. Entre las telenovelas que dirigió están Rubí, en 1968 y Yesenia, en 1970, ambas escritas por Yolanda Vargas Dulché, La recogida (1971) y El amor tiene cara de mujer (1971–1972). En dos ocasiones participó como productor y director del montaje Mi marido tiene complejos, de J. Bernard Luc, junto con el empresario Jorge C. Altamirano. Con el Grupo Teatro Contemporáneo Independiente dirigió y montó Los incendiarios, de Max Frisch (1962), y Andorra (1964). Por muchos años trabajó para la industria cinematográfica mexicana como actor, en cintas como La perla (dirección de Emilio Fernández, estrenada en 1945), El señor fotógrafo (1952), El asesino invisible (1964), El derecho de nacer (1966), Rosa Blanca (estrenada hasta 1972) y para películas extranjeras filmadas en México entre ellas, Tarzán y las sirenas (1947), Señor gringo (1953) y Viva María (1965). Invitado por los gobiernos de Alemania y Yugoslavia, entre 1968 y 1972, realizó diversos viajes para llevar su propuesta teatral.

Fernando Wagner Schreier fue académico, estudioso, director, traductor y adaptador teatral. En sus ensayos sobre la televisión y el teatro distingue tres elementos principales del "triángulo de fuerzas": el público, el actor y el autor, que se complementa con la acción, la plástica, la estética y el ambiente. En Teoría y técnica teatral examinó el proceso creativo en la dramaturgia, desde la actuación, el trabajo del actor, la dirección, la elección de la obra y el reparto, la estructura y adaptación de escena y lo relacionado con el montaje: escenografía, iluminación, utilería, vestuario, maquillaje, música, diseño, etcétera. En La televisión, técnica y expresión dramática es un estudio histórico de la televisión a través de lo que ocurría en los Estados Unidos, Alemania, Japón e Inglaterra; en ese trabajo presentó una propuesta teórica, a partir de obras como Esquina peligrosa, de John B. Priestley, sobre el lenguaje en la creación teleteatros y telenovelas y la interacción entre el director, el escritor, el escenógrafo y el actor, así como el público al que va dirigido. Gran parte de su trabajo como traductor y adaptador teatral no está documentado adecuadamente ni publicado, ya que fue hecho para la puesta en escena teatral o televisiva.