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En Los mártires del Anáhuac, Eligio Ancona selecciona algunos de los episodios más significativos de la conquista del Anáhuac y al mismo tiempo los más adecuados para explicar el tema central (el martirio de los pueblos del altiplano mexicano) de la obra y el carácter de sus personajes.
Esta obra empezó a publicarse por entregas en México durante las primeras semanas de 1870. Asimismo, responde a la estructura del viaje que hace Hernán Cortés desde que desembarcó el 21 de abril de 1519 en las playas de Chalchiuhcuecan hasta el 13 de agosto de 1521 cuando el ejército español tomó Tlatelolco, el último reducto del imperio azteca.
De manera alterna a estos acontecimientos, en el plano de la ficción, se narra la profecía de que cuando Malitzin llegue a la adolescencia, "amará al mayor enemigo de nuestra raza, amor que "la arrastrará a renegar de los dioses, a vender a sus hermanos y a entregar a su patria al extranjero"; pero sobre todo, la historia amorosa de Geliztli y Tizoc, un joven dedicado al culto de Huitzilopochtli.
