Estudió Leyes en la Universidad Nacional Autónoma de México (unam). Fue profesor de Literatura y de Historia de México en el Instituto de Ciencias y Artes del Estado de Oaxaca. Ganó el Campeonato Nacional de Oratoria en 1926. Fungió como secretario particular del general Lázaro Cárdenas durante su candidatura a la presidencia de la República. En 1937 fue director del Departamento de Bellas Artes y electo diputado a la xxxvii Legislatura. Fue embajador de México en Honduras, Colombia y Paraguay y cumplió distintas comisiones en Guatemala, Nicaragua, Argentina, Panamá y Costa Rica. Se afilió a la Federación de Partidos del Pueblo en 1950. Colaboró en la revista Impacto, en los periódicos El Nacional, Novedades, La Opinión (de Torreón), Diario de Sotavento (de Coatzacoalcos) y en el suplemento “Revista Mexicana de Cultura”. Fue coordinador en los talleres de oratoria del Consejo Nacional de Recursos para la Atención de la Juventud (crea).

José Muñoz Cota cultivó la poesía, el cuento y el ensayo. Su expresión poética derivó en un principio hacia una vertiente revolucionaria, como Romances de la hoz y el martillo o el corrido sobre Emiliano Zapata. Después se ocupó de temas del pueblo mexicano, como en Agonía del llanto en Tehuantepec o Canto a Juchitán. En sus escritos destacó la figura de Ricardo Flores Magón; hizo también crónicas de viaje y semblanzas de sus amigos y contemporáneos. En sus artículos periodísticos cuestionó el sistema político mexicano.