Nació en San Antonio Eloxochitlán, Oaxaca, y murió en la prisión de Leavenworth, Kansas. Junto con sus hermanos Enrique y Jesús, se le considera uno de los precursores del movimiento revolucionario de 1910 y fundador del Partido Liberal Mexicano. Pasó buena parte de su vida en prisión a causa de sus actividades políticas. Ya en 1892, Ricardo Flores Magón participaba en una manifestación estudiantil contra Porfirio Díaz y fue encarcelado por primera vez. Al año siguiente formó parte de la redacción del periódico El Demócrata. En 1900 fundó, con su hermano Jesús, el célebre periódico Regeneración, por el que fue encarcelado. En 1901 asistió al Primer Congreso de Clubes Liberales en San Luis Potosí y en 1902 era ya el responsable del periódico antirreeleccionista de caricaturas El Hijo del Ahuizote. Por órdenes de Porfirio Díaz, se prohibió en 1903 toda publicación que saliese de la pluma de los hermanos Flores Magón, con lo que éstos se trasladaron a Estados Unidos, a San Luis Missouri, desde donde proclamaron el «Programa del Partido Liberal», de clara tendencia anarquista, junto con Antonio I. Villarreal, Librado Rivera, Manuel Sarabia y Rosalío Bustamante. Los Flores Magón, junto con los demás miembros de la junta del Partido Liberal, fueron arrestados en la ciudad de Los Ángeles en agosto de 1907, por ser considerados perniciosos para la paz social. Desde la cárcel organizaron el levantamiento previsto para el 25 de junio de 1908, que dio lugar a algunos hechos de armas en el norte del país. Por atentar contra la aparente neutralidad norteamericana, Ricardo Flores Magón fue nuevamente arrestado hasta enero de 1914. Tras una breve época de libertad, en 1916 es condenado por sus proclamas anticarrancistas y entonces escribe sus dramas libertarios y de agitación política. En marzo de 1916, Ricardo Flores Magón y Librado García publicaron un manifiesto titulado «La muerte de la vieja sociedad está próxima...». Por ello fue nuevamente hecho prisionero y condenado a 13 años de prisión. Casi ciego y enfermo, murió finalmente en prisión en 1922. Junto con sus proclamas y manifiestos, publicó dos opúsculos: El triunfo de la revolución social y Vida nueva. Obra dramática: Tierra y Libertad (1916), Verdugos y víctimas.

Realizó estudios en la Escuela de Jurisprudencia de la Universidad Nacional Autónoma de México (unam). De manera independiente, se aproximó a las corrientes políticas más importantes de la época y a la historia de México. Además, dominó el inglés, el francés y el italiano. En 1892 participó activamente en el movimiento estudiantil antirreeleccionista, por lo que fue encarcelado. Fundó en 1893 y fue corrector del periódico estudiantil de oposición El Demócrata, de muy corta vida (tres meses). Por su actitud crítica, el 7 de agosto de 1900, fundó junto con su hermano Jesús, Regeneración, periódico de combate, en donde llegó a escribir casi el cincuenta por ciento del contenido. Desde entonces, se sucedieron constantes persecuciones y encarcelamientos, tanto en el país como en los Estados Unidos, en donde se exilió en enero de 1904. Por tal motivo el periódico tuvo varias épocas, lugares de edición y una cada vez mayor definición anarquista. Su participación en el primer Congreso de Clubes Liberales en San Luis Potosí, fortaleció su militancia dentro del Partido Liberal y su imagen dentro del liderazgo que se manifestó al proclamarse el programa del Partido Liberal (1906); más tarde, al radicalizar su posición anarquista a raíz de la Revolución y la insurrección maderista, provocó la escisión del partido. En 1902, al salir de prisión, asumió la dirección de El Hijo del Ahuizote, cuyos talleres arrendó a Daniel Cabrera. En dicha publicación asumió la misma actitud crítica que en Regeneración, y al igual que ésta, fue censurada. Debido a los constantes ataques de los hermanos Flores Magón a la dictadura, el Tribunal de Justicia emitió un acuerdo manifestando: cualquier periódico que admitiera los escritos de Ricardo Flores Magón, sería objeto de graves cargos (9 de junio de 1803). En esas condiciones, el núcleo del Partido Liberal, entre ellos Enrique y Ricardo Flores Magón, se trasladaron a los Estados Unidos y reabrieron Regeneración en Laredo, Texas, en noviembre de 1904, y más tarde en San Luis Missouri. Sus artículos sobre la participación de los Estados Unidos en la guerra mundial le costaron la sentencia más grande (21 años) y la pérdida definitiva de la libertad, en 1918. Pese a haber pasado mucho tiempo en prisión y estar casi ciego, nunca dejó de escribir y difundir su posición política. Tras su muerte se realizaron los trámites necesarios para trasladar su cuerpo a México, lo que se logró en enero de 1923.

Ricardo Flores Magón es uno de los principales exponentes del periodismo político. Plasmó sus ideas revolucionarias y de reivindicación social en toda su obra, en la que predominó el ensayo. También escribió teatro y cuento. En cada uno de sus artículos presentó un análisis sobre la situación que atravesaba el país. Entre sus temas más recurrentes se encuentran la oposición a las reelecciones de Porfirio Díaz, el planteamiento hacia el cambio social radical (a través de la lucha armada), las divergencias con el grupo maderista (al que se adhirieron muchos magonistas), y la dura crítica a Carranza. Cuestionó también en los últimos años a la sociedad norteamericana. La mayor parte de su producción se publicó en Regeneración y posteriormente fue rescatada por el Grupo Cultural Ricardo Flores Magón. Regeneración, señala Armando Bartra, constituye una fuente esencial para entender el pensamiento magonista frente a la sociedad mexicana. Dicho grupo concebía al periódico como estructurador ideológico, político y orgánico de una corriente revolucionaria y como medio propagandístico, de agitación y organización colectiva. Sus ensayos muestran su gran conocimiento histórico-político que fundamenta sus ideas y en sus cuentos y obras de teatro transmite ese mismo ideal al lenguaje de personajes populares. A Verdugos y víctimas y a Tierra y Libertad, se les considera obras de teatro con carácter político. Con sus obras literarias pretendía incitar al pueblo en el reclamo de sus derechos políticos y sociales.