Obtuvo el título de Arquitecto en la Escuela de Bellas Artes, en 1920. En 1925 fundó una compañía contratista, precursora de las grandes compañías actuales. Fue jefe del Departamento de Estadística Nacional y director de Obras Públicas y Servicios Urbanos del Distrito Federal. Realizó varias obras arquitectónicas en el gobierno de Lázaro Cárdenas. En 1944 fundó un negocio bancario para financiar construcciones. A la edad de cincuenta y dos años inició su trabajo de escritor. Fue hermano del pintor Ángel Zárraga.

Guillermo Zárraga Argüelles, narrador y novelista, combinó la ciencia ficción y la crítica social. El réferi cuenta nueve, es una exhortación a los mexicanos para unirse a los Estados Unidos en su combate al nazismo. El hilo conductor es la historia de un empleado de gobierno que en 1938 encuentra un manuscrito redactado en 1961 donde se detalla una invasión nazi a México y cómo pretende evitarlo. Palamás Echevete y yo es la novela en que vierte una crítica a la historia de México, su Revolución y la forma de su gobierno en labios de un profesor viajero en el tiempo y su casero, Emilio, un joven médico a quien convence para viajar a la época prehispánica. La noche anuncia el día es una fuerte denuncia al militarismo e inestabilidad política del México posrevolucionario a través de la anécdota de un personaje a quien le regalan una máquina para leer el pensamiento; con su uso se convierte en consejero privado del presidente. Los cuentos de Guillermo Zárraga se caracterizan por abordar temas sobrenaturales y de misterio. En todos ellos “Diego” es el narrador o el confidente de extrañas historias. Vida, expiación y muerte de Arístides Elorrio es la historia del personaje homónimo poseedor de millones de pesos en oro que emplea en obras de caridad. En El extraño caso de una litografía mexicana un detective cuenta a su sobrino una investigación que realizó durante años siguiendo los cambios en una litografía para descubrir un asesinato. La historia del pequeño fauno de Chelsea relata la historia de un muñeco que vive en una caja de música; al ser liberado provoca grandes problemas en una familia. El jueves santo de Julio Argudín narra la conversión de este joven ateo en creyente al ser testigo de la cena de Jesús con sus apóstoles. El milagro aborda la historia de Aquiles Serdán, un hombre rico que venció al cáncer en forma milagrosa gracias a un “santo” oaxaqueño, sin saber que este hecho le traería nefastas consecuencias, desde la muerte de una de sus hijas y la ruina económica, hasta su asesinato.