Se casó con José Agustín a los dieciocho años para poder viajar a Cuba. De 1961 a 1966, trabajó y estudió en La Habana; durante su primer año de estancia en la isla participó en la campaña de alfabetización. Formó parte del equipo de redacción del periódico estudiantil Alma Mater. De 1964 a 1966 trabajó como investigadora del Instituto de Etimología y Folklore en la Academia de Ciencias Cubanas. Estudió la licenciatura en Historia graduándose en 1966 en la Universidad de La Habana. Viajó a África en donde, de 1966 a 1967, hizo la maestría en Estudios Africanos en la Legón University Accra, de Ghanna, obteniendo el grado en 1967. De 1982 a 1985 residió en Barcelona, donde obtuvo el doctorado en Geografía por la Universidad de Barcelona con un trabajo sobre el discurso femenino, en 1985. Ha sido profesor de Historia en Oaxaca, directora de la Facultad de Humanidades en la Universidad Autónoma Benito Juárez (uabjo); coordinadora del proyecto de "Libro de Texto Historia de Oaxaca", para escuelas primarias y del Área de Cultura en el Instituto de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social de Oaxaca. Ha sido asesora del secretario de Planeación y  secretaria técnica del Consejo Estatal de Oaxaca.

María Margarita Dalton Palomo ha escrito cuento y novela, poesía y ensayo. En su novela Larga sinfonía en D, la fragmentación del texto, el uso deliberado de anglicismos y la antisolemnidad en la expresión están enfocados hacia una crítica de la sociedad de consumo. Sus cuentos se caracterizan por sus elementos de ironía y sorpresa que le permiten cuestionar la realidad. En sus ensayos, su narrativa y sus poemas se ha ocupado de analizar la condición femenina y de criticar y estudiar el ambiente social latinoamericano, así como de penetrar en la historia y en la sociología de la región oaxaqueña.