Estudió en la Escuela Nacional de Agricultura, de Chapingo, donde se graduó como Ingeniero Agrónomo en l940. En 1944 obtuvo el grado de doctor en Economía por la Universidad de Wisconsin. Fue miembro de la Misión Andina Indigenista de las Naciones Unidas. Fue asesor de Víctor Paz Estenssoro sobre asuntos de reforma agraria entre 1953 y 1955. Se desempeñó como analista especializado en la Nacional Financiera; subjefe del Departamento de Estudios Económicos, de la Dirección de Estudios Hacendarios; asesor del Banco de México, de la Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos, y del Instituto de Estudios Políticos, del Partido Revolucionario Institucional (pri). Impartió clases en la Escuela Nacional de Agricultura de Chapingo y en la Escuela Nacional de Economía, de la Universidad Nacional Autónoma de México (unam), donde fue nombrado profesor titular de Economía agrícola en 1966; impartió clases en el Instituto Tecnológico Autónomo de México. Trabajó en la Organización de las Naciones Unidas, en la Comisión Económica para América Latina, en la Food and Agriculture Organization y en la Organización de Estados Americanos. En l972 desempeñó el cargo de asesor en asuntos económicos del presidente Luis Echeverría y, en 1973, fue nombrado representante permanente de México ante la fao. En 1975 fue embajador de México en Cuba. En 1976 fue director general del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (conacyt), cargo que ocupó hasta 1982 y, en 1980, el Secretario General de la Organización de Naciones Unidas lo nombró miembro del Comité Asesor sobre Ciencia y Tecnología. Colaboró en diversas revistas científicas y en la prensa diaria.

Edmundo Flores Fernández, además de ensayista de temas de su especialidad, es autor de un libro de cuentos –Las moscas– en el que, a través de un fino sentido de la observación, evoca el ambiente sencillo de la provincia mexicana. En su obra autobiográfica, Historias de Edmundo Flores y Antesala del poder, muestra una radiografía de su pensamiento, su país y sus circunstancias, tanto personales como políticas. El dilema de la izquierda en México y otros ensayos es una compilación de diversos artículos periodísticos, en los que expresa con ligereza y humor, sus preocupaciones científicas y tecnológicas, que recoge de sus programas técnicos y de investigación científica.