Hizo sus primeros estudios en el Colegio Vasco de Quiroga y los de Periodismo en la Escuela Carlos Septién García (1956-1959) de la Ciudad de México; trabajó en los semanarios Unión y Claridades (1952); en Atisbos y El Sol de México (1960); ha cubierto la fuente “Departamento del Distrito Federal" en el diario Excélsior, en su primera y segunda edición, y en su columna "Nuestra ciudad".

El periodismo de Manuel Magaña Contreras abarca tres temas fundamentales, la Ciudad de México, en sus crónicas, notas y reportajes (Siete regentes y un reportero es testimonio de ello); la defensa de los valores patrimoniales de su ciudad natal, en sus libros: Zamora, fundación y rescate histórico, Identidad y rescate, La falacia del 18 de enero y Zamora, estirpe y destino; y el poderío económico y político de las élites religiosas del mundo, como el Opus Dei (Revelaciones sobre la santa mafia) y de la Conferencia General del Episcopado Latinoamericano, celebrada en Puebla en 1979 en su obra Religión y política. En esta última revisa los movimientos de poder en el Vaticano, la ideología de tendencias como la Teología de la Liberación y la intervención de las grandes fuerzas mundiales. Ha escrito la biografía de Juventino Rosas, que da a conocer detalles del personaje hasta ahora desconocidos.