Tras cursar los estudios básicos en su ciudad natal, estudió el bachillerato en el Seminario Conciliar de Morelia y en el Primitivo y Nacional Colegio de San Nicolás de Hidalgo, de la misma ciudad. En 1906 se trasladó a la Ciudad de México para estudiar en la Escuela Nacional de Jurisprudencia, de la Universidad Nacional, donde se desempeñó como bibliotecario (1911-1913); en 1913 obtuvo el título de abogado. Perteneció al Ateneo de la Juventud. Fue profesor de lengua y literatura latinas en la Facultad de Altos Estudios; de latín, lengua y literatura castellanas en la Escuela Nacional Preparatoria (de la que fue secretario interino, de 1913 a 1914) y de lengua española en la Facultad de Ciencias Químicas. Fue secretario particular del licenciado José Vasconcelos, entonces secretario de Instrucción Pública, así como del ingeniero Alberto J. Pani, secretario de Industria y Comercio (1917-1918). En 1920 fue designado secretario del Departamento Universitario y de Bellas Artes; con ese carácter se hizo cargo de la rectoría de la Universidad Nacional de octubre a noviembre de 1921. En este mismo año, con el librero Manuel León Sánchez, fundó la Escuela de Verano para Extranjeros; en 1929, por unos cuantos días fue director interino de la Facultad de Filosofía y Letras; en 1933, a instancias suyas, se creó el Instituto Mexicano de Investigaciones Lingüísticas, que dirigió hasta su muerte. Fue director de la sección literaria de la publicación La Guerra Europea (1919); fundador de las revistas Conozca Ud. a México (1924) e Investigaciones Lingüísticas (1933-1938). Colaboró también en los diarios El Mundo, El Nacional, El Heraldo de México, así como en las revistas El Mundo Ilustrado, México Moderno, La Nave, Pegaso, Magazín de la Raza, de Nueva York, Repertorio Americano y La Obra, de San José de Costa Rica.

Mariano Silva y Aceves, además de su sólida formación como humanista, adquirida en el seminario, compartió el interés por los clásicos grecolatinos y españoles como el resto de los miembros del Ateneo de la Juventud. Su obra revela la influencia de los humoristas ingleses y de los poetas y prosistas franceses de la época; es por esto que algunos críticos le han encontrado cierta afinidad con la obra de Julio Torri. Al igual que el coahuilense, la obra de Silva se caracteriza por el cuidadoso estilo, expresado en breves composiciones, más cercanas al poema en prosa y la viñeta que al cuento. En Arquilla de marfil, su primer libro, aparece por primera vez en México el tema colonial, al que le da nuevas perspectivas, como en el caso de la leyenda de don Juan Manuel. Interesado por la infancia, escribió Animula, "un ensayo a favor de la ingenuidad de los niños mexicanos, abandonados a sí mismos"; en esta misma vertiente puede situarse Campanitas de plata, conformado por muy breves poemas en prosa, y que puede considerarse su mejor libro. Muñecos de cuerda, su último volumen, combina el mundo cotidiano con el absurdo, creando perfiles sicológicos aunque sin perder el cuidado estilístico. Un reino lejano reúne todas sus publicaciones, así como un importante número de textos inéditos y un interesante epistolario sostenido con Alfonso Reyes. Otra faceta del autor es la de la erudición y la investigación lingüística, en la que fue pionero, tanto en el estudio del español en su modalidad mexicana, como en la valoración de las lenguas indígenas.