Con los antecedentes del Centro de Estudios Mayas y el Centro de Estudios Antropológicos se crea la Escuela de Ciencias Antropológicas en 1970, la cual, a su vez se nombrará Facultad de Ciencias Antropológicas al implementarse la Maestría en Ciencias Antropológicas en 1986.
Desde sus raíces como Centro de Estudios Mayas, la Facultad tiene una fuerte línea de formar filólogos especializados en la lingüística maya para aportar en las problemáticas del bilingüismo maya-español que requiere de concentración teórica y de investigación sobre todo en el Estado de Yucatán. Además se preparan a Arqueólogos y Antropólogos Sociales para complementar los estudios culturales y sociales del área con vínculos étnicos con el Caribe.
Por ello ofrece siete Licenciaturas y un Doctorado en Ciencias Antropológicas y publica periódicamente Antrópica y la Revista Yucateca de Estudios Literarios.
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