El Doctorado en Estudios Mesoamericanos se enfoca en la complejidad, diversidad y pluralidad étnica que han dado sentido a la región desde la época prehispánica hasta la actualidad. De ahí que el programa sea multi e interdisciplinario y tenga como finalidad formar especialistas en las culturas indígenas mesoamericanas, desde la época prehispánica hasta nuestros días, que realicen docencia e investigación científica de alto nivel y contribuyan en diferentes ámbitos a la difusión del conocimiento, en calidad de consultores y mediadores culturales.
Gran parte de alumnos, egresados y académicos participan o han participado en algún proyecto de vinculación en comunidades indígenas o en proyectos arqueológicos en prácticamente todos los estados de la República, impactando positivamente con los aportes que se dan en cada sitio, que se pueden resumir en beneficios para sitios arqueológicos, apoyos a las comunidades y el rescate y legitimación de prácticas y saberes tradicionales, así como el rescate, difusión y estudio de lenguas indígenas.
