Nació aproximadamente en 1499 en Villa de Sahagún, España. Estudió en la universidad de Salamanca entre 1512 y 1514. Se ordenó del convento de Salamanca en 1524 para profesar en la orden de San Francisco. En 1529 llegó a la Nueva España en compañía de otros religiosos para realizar labores de evangelización y enseñanza; además, aprende el náhuatl lo que le permite ser traductor, interprete y realizar estudios del México prehispánico. Recibió ayuda de informantes y colaboradores indios en la realización de su obra. La escritura de textos en náhuatl tuvo como finalidad facilitar la doctrina y enseñanza a los indios, mismos que también ayudaron al padre Sahagún a ser informantes y preservar la memoria de la cultura prehispánica.
En 1536 se convierte en maestro de latín en el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco. Después, en 1540 escribe Sermonario de domínicas y de santos en náhuatl.
En 1547 Sahagún inició su trabajo de investigación y recopilación de materiales y textos para la elaboración de su obra Historia general de las cosas de la Nueva España, trabajo que duró más de cuarenta años y que se dividió en diferentes etapas de formación. Las primeras tres corresponden al proyecto general o primer plan (1558-1560), segunda etapa de Tlatelolco (1561-1565) y la tercera etapa de corrección (1665-1569) pero sin traducir an al español.
Sahagún siguió trabajando y revisando su obra hasta pocos años antes de su muerte que fue el 5 de febrero de 1590 en el convento de San Francisco en la Ciudad de México.